Com seis salas equipadas com o que existe de mais moderno no universo da medicina, o Centro Cirúrgico do Hospital São José atende diversas especialidades, sendo referência em alta complexidade nas áreas de oncologia, ortopedia, traumatologia e neurocirurgia. O setor conta com uma equipe multidisciplinar qualificada e possui um rígido controle de prevenção à infecção hospitalar. Todos os procedimentos realizados seguem o Protocolo de Cirurgia Segura, formulado pelo Ministério da Saúde.